A história se passa no mundo humano (Distrito de Shibuya, em Tóquio) e no mundo das bestas (Shibutenmachi). Nestes dois mundos que não devem se misturar, vivem um garoto solitário e uma besta solitária. Certo dia, este garoto acaba entrando no mundo das bestas… Kumatestu tem o objetivo de se tornar o Grande Mestre de Juutengai, mas para isso, ele tem que derrotar o seu rival Iouzan e ter um discípulo… Aí o destino do garoto e da besta se cruzam, e Kumatetsu faz do garoto o seu discípulo e o dá a ele o nome de Kyuuta. Bakemono no Ko mostra a emocionante história de Kyuuta e Kumatetsu que buscam ser a espada no coração um do outro.