Este filme é uma continuação direta da série de KanColle.

O plot do filme se desenrola a partir do momento que as garotas-navio começam a ouvir uma voz misteriosa ao redor de Ironbottom Sound (Estreito de Savo) e, conforme essa voz se espalha pelo oceano, uma coloração vermelha preenche o mar. Com exceção da Frota Abissal, essa coloração destrói todas as formas de vida que entram em contato com ela e danifica os equipamentos das garotas-navios. Elas então correm para descobrir a origem desse fenônemo e assim eliminá-la.